היחידה מטפלת בחולים שאובחנו בסרטן במערכת העיכול: ושט, קיבה, לבלב, כבד, כיס המרה ודרכי המרה, המעי הגס, חלחולת (רקטום) ופי הטבעת. בנוסף היא מרכזת את הטיפול בגידולים נדירים, כגון גידולי סטרומה במערכת העיכול ((GIST, וגידולים נוירואנדוקריניים.
בשנים האחרונות חלו התפתחויות רבות בחקר הסרטן במערכת העיכול, והבנת הבסיס המולקולרי של המחלות הביאה לטיפולים חדשניים, לריפוי חלק ניכר מהחולים ולהארכת הישרדותם. צוות היחידה דוגל ברפואה מותאמת אישית ולחולים ניתנות תרופות כימותרפיות וביולוגיות, בהן חדשניות שאושרו וניסיוניות (שנמצאות בשלבי מחקר קליני).