מרפאות החוץ של המערך לאונקולוגיה הינן חלון הראווה של המערך. למרפאות מתקבלים החולים החדשים לאחר אבחון מחלתם. רופאי המרפאות אוספים את המידע על החולה, משלימים את הבדיקות לפי הצורך על מנת לקבע את היקף המחלה (שלב המחלה) ולהחליט בהתאם על האסטרטגיה הטיפולית המועדפת.