המכון ההמטולוגי מטפל בחולים במחלות דם ובמחלות המטו-אונקולוגיות. לאשפוז יום המטולוגי מתקבלים מטופלים עם ממאירות במערכת הדם והלימפה, לימפומה, מיאלומה, מחלות מיאלופרוליפרטיביות ולאוקמיות.
במסגרת המכון פועלות המעבדות:
מעבדה להמטולוגיה כללית
המעבדה להמטולוגיה מולקולרית, המשתפת פעולה עם המכון הגנטי לאבחון מוטציות גנטיות הגורמות ליתר קרישות וממאירויות המטולוגיות.